+ Giai đoạn nghiên cứu, khai quật của các học giả Pháp:

          Các nhà khoa học đến từ Trường Viễn đông Bác cổ bắt đầu công cuộc nghiên cứu và khai quật Mỹ Sơn tử năm 1898. Hai trường phái nghiên cứu được tiến hành song song. Trường phái nghiên cứu văn bia dẫn đầu là nhà sử học Luis Finot đã dịch khoảng 20 văn bia tại Mỹ Sơn từ chữ Phạn, chữ Chăm cổ sang tiếng Pháp. Nhờ đó chúng ta hình dung được những đền tháp do triều vua nào xây dựng kèm theo niên đại. Trường phái nghiên cứu về kiến trúc do kiến trúc sư kiêm khảo cổ gia Henry Parmentier phụ trách đã đo, kẻ, phác họa bản đồ và ký hiệu theo mẫu tự la tinh như bản đồ hiện hữu. Sau đó người Pháp tiến hành khai quật và trùng tu giai đoạn 1 tại Mỹ Sơn cho đến những năm 1930. Nhiều hiện vật quý tại Mỹ Sơn được đưa ra trưng bày tại Bảo tàng điêu khắc Chăm Đà Nẵng trong đó có Bảo vật Quốc gia Đài thờ Mỹ Sơn E1, một số đưa về Pháp trưng bày tại Bảo tàng Gui me. Đến khi chiến tranh thế giới lần thứ II bùng nổ, công cuộc nghiên cứu và trùng tu tại Mỹ Sơn buộc phải tạm dừng và Mỹ Sơn bị rơi vào quên lãng lần thứ 2. Dù chỉ diễn ra trong khoảng hơn 30 năm nhưng khu đền tháp đã bị hư hại nặng nề (chủ yếu do bom, đạn). Sau năm 1975, Mỹ Sơn là một đống hoang tàn đổ nát, hơn 50/70 công trình kiến trúc đã bị sụp đổ hoàn toàn.

          + Giai đoạn nghiên cứu, khai quật từ sau năm 1975 đến 1995:

          Sau 1975, chính quyền địa phương quản lý khu vực này. Bảo tàng Quảng Nam- Đà Nẵng trực tiếp phụ trách. Trong những năm 1980, được sự giúp đỡ của các chuyên gia Ba lan mà đứng đầu là kiến trúc sư Kazimeirz Kwaitkowski (Kazik) đã giúp địa phương dọn dẹp, khai quật chữa cháy, trùng tu một phần Mỹ Sơn và khu đền tháp dần lấy lại diện mạo của mình.

          + Giai đoạn từ 1995 đến nay:

          Từ cuối năm 1995 đến nay, khu đền tháp Mỹ Sơn được giao cho UBND huyện Duy Xuyên quản lý. Được sự giúp đỡ của các chuyên gia trong và ngoài nước, nhiều dự án khai quật và trùng tu được tiến hành, rất nhiều hiện vật quý được phát hiện và trưng bày tại Mỹ Sơn. Đáng chú ý nhất là Mukhalinga được phát hiện vào năm 2012 và đã được công nhận là Bảo vật Quốc gia. Với những giá trị nổi bật toàn cầu vốn có, khu đền tháp Mỹ Sơn được công nhận Di sản văn hóa Thế giới vào ngày 04/12/1999.

Hội tụ tất cả những tinh hoa đó là lời nói kinh điển của cố kiến trúc sư Kazik:“Người Chăm pa cổ đã gửi tâm linh vào đất và đá, đã biết dựa vào thiên nhiên để làm nên Mỹ Sơn thâm nghiêm, tráng lệ và hùng vĩ. Đây là một bảo tàng điêu khắc, kiến trúc nghệ thuật vô giá của nhân loại mà còn lâu chúng ta mới có thể hiểu hết được”.

Trong nhiều năm qua, chính quyền địa phương đã làm khá tốt công tác bảo tồn khu di sản. Việc giữ nguyên hiện trạng là một cố gắng rất lớn vì Mỹ Sơn là một phế tích ngoài trời, chịu tác động của thiên nhiên trong một thời gian dài cùng với sự tàn phá của chiến tranh trong qua khứ. Được sự hỗ trợ của cấp trên cùng với các tổ chức phi chính phủ, nhiều dự án đã, đang và sẽ được triển khai tại Mỹ Sơn nhằm góp phần bảo vệ tính toàn vẹn và chân xác của khu di sản.

Công tác phát huy giá trị của Mỹ Sơn  được chú trọng trong thời gian qua nhưng vì nhiều yếu tố nên vẫn còn hạn chế.  Mỹ Sơn cần những nhà đầu tư đủ tầm và lực trong việc phát triển dịch vụ và đa dạng hóa sản phẩm du lịch cho xứng tầm di sản.